十年前，幾乎毀滅世界的大災難中，衛宮士郎被魔術師衛宮切嗣所救，成為其養子。十年後，士郎為履行與已故的養父之間的約定——成為“正義的夥伴”，而每日不停的進行魔術鍛煉。偶然的一天，士郎被卷入了稱為“聖杯戰爭”的魔術師之間的對決。規則是一位魔術師與一位“英靈”結成契約。所謂“聖杯戰爭”，勝利者可以獲得聖杯來實現任何願望。於是，七位魔術師與七位“英靈”一起加入了這個為了創造奇跡的廝殺之中。衛宮士郎深知，十年前的那場大災難就是“聖杯戰爭”引起的，為了避免悲劇再次發生，他與自己的“英靈”Sabar一起，投身於這充滿危險與艱辛的”聖杯戰爭”之中。