曾經，這個國家發生了一場由忍者們發起的大戰。幸存下來的甲賀、伊賀、風魔、雜賀四個家族，各自擁有被認為具有巨大力量的〈秘傳繪卷〉，以此維持彼此之間的平衡。時光流轉，現代。故事發生在一個普通的城市——甲賀市。人們已經忘記了忍者的存在。甲賀忍者的〈咲耶〉是個忍者，卻總想引人注目！她和朋友〈涅姆〉、〈小蘭〉一起度過著“不做忍者”的日子。有一天，風魔的秘傳繪卷被某個人偷走了，四個家族之間的戰爭再次爆發。咲耶、涅姆、小蘭也被卷入戰鬥之中。這三個過著悠閑生活的現代人，能否在戰亂的世界中生存下去呢？